El estudiante promedio de secundaria Kyou Sogoru es un ávido nadador que vive en la hermosa ciudad de Maihama. Pasa sus días saliendo con amigos, nadando y jugando videojuegos. Sin embargo, su vida normal da un vuelco cuando una hermosa y misteriosa chica llamada Shizuno Misaki se le acerca con una extraña petición: saltar juntos a la piscina de la escuela. Este fatídico salto transporta a Kyou a un mundo devastado por la guerra donde los humanos pilotean impresionantes robots humanoides conocidos como Zegas para luchar contra alienígenas maliciosos conocidos como Gards-Orm. Para encabezar este esfuerzo, los humanos han formado Cerebrum, una organización rebelde que trabaja para evitar que Gards-Orm erradique a la humanidad. Mientras Kyou participa en operaciones de combate, conoce a sus compañeros pilotos de Zega y es testigo de innumerables muertes, comienza a cuestionar la verdadera naturaleza de este mundo, así como su propia vida.
